Przede wszystkim rozkład niestrawionego pokarmu na czynniki pierwsze w procesie fermentacji. Tą drogą powstają tak zwane krótkołańcuchowe kwasy tłuszczowe, które są pożywką dla komórek nabłonka jelitowego. Ponadto bakterie jelitowe wspomagają także wytwarzanie tak zwanych mucyn, które wyściełają nabłonek jelita i powstrzymują przedostawanie się toksyn oraz niepożądanych drobnoustrojów poza układ pokarmowy w głąb naszego organizmu. Oznacza to, że mikrobiota pełni także ważną funkcję immunologiczną. Co więcej, od tego, jakie bakterie zamieszkują nasze jelita zależy stopień zdolności do przyswajania witamin: K oraz z grupy B. Utrzymanie trwałej i nieprzepuszczalnej struktury jelit wpływa dobroczynnie na przyswajalność składników pokarmowych z pożywienia, a także wspomaga naszą odporność poprzez izolowanie niebezpiecznych toksyn i drobnoustrojów. Jednak mechanizmy obrony immunologicznej mogą ulec osłabieniu w skutek nieodpowiedniego odżywienia, zwłaszcza w przypadku niedoborów składników niezbędnych dla prawidłowego funkcjonowania układu odpornościowego, takich jak witaminy A, C, D i żelazo. W przypadku dzieci niezbilansowana dieta w pierwszych miesiącach życia może prowadzić do zaburzeń układu odpornościowego, na przykład alergii, chorób autoimmunologicznych lub przewlekłych stanów zapalnych w późniejszym okresie życia.
Są to niepodlegające trawieniu składniki żywności (węglowodany), które wybiórczo stymulują rozwój lub aktywność jednego albo ograniczonej liczby szczepów bakterii w jelicie grubym, korzystnie wpływając w ten sposób na stan zdrowia człowieka. Wyróżnia się wśród nich oligosacharydy (fruktooligosacharydy, laktuloza, oligosacharydy sojowe) i polisacharydy (inulina, skrobia oporna, celuloza, hemicelulozy i pektyny). Część z nich występuje naturalnie w żywności jako błonnik, a inne pozyskuje się na drodze procesów chemicznych i następnie dodaje do produktów żywnościowych. Naturalnym źródłem fruktooligosacharydów są warzywa (szparagi, buraki cukrowe, cykoria, karczoch, cebula, czosnek, por), nieoczyszczone zboża (pszenica, jęczmień, owies), a także miód i banany. Oligosacharydy sojowe znajdziemy w soi, a inulinę w cykorii, topinamburze i ziemniakach. Dla nowo narodzonego dziecka najlepszym źródłem prebiotyków jest mleko matki. Co więcej, prebiotki redukują ryzyko rozwoju biegunek, stanów zapalnych, polipów i zmian nowotworowych w przewodzie pokarmowym. Ułatwiają wchłanianie wapnia, żelaza i magnezu pochodzącego z pożywienia, pobudzają metabolizm glukozy i białek w wątrobie, a także stymulują jelita do usuwania toksycznych produktów przemiany materii.
Natomiast probiotyki to żywe drobnoustroje (tak zwane dobre bakterie), które podawane w odpowiednich ilościach dają korzystny efekt zdrowotny u gospodarza. Są to na przykład: Lactobacillus rhamnosus ATCC 53103, Lactobacillus reuteri DSM 17938 czy Saccharomyces boulardii CNCM I-745. Nazwa probiotyk pochodzi od greckich słów „pro" i „bios", co oznacza „dla życia". Probiotyki naturalnie występują w przewodzie pokarmowym człowieka, w jamie ustnej i na powierzchni skóry. Naczelnym zadaniem probiotyków jest ochrona flory bakteryjnej w przewodzie pokarmowym, w tym zapobieganie kolonizacji i namnażaniu się tak zwanych złych bakterii i grzybów.
Oczywiście w kiszonkach, kwasie chlebowym, a także jogurtach, kefirach i zsiadłym mleku, jak również warzywach i zbożach bogatych w błonnik. Jednak by dane pożywienie zasłużyło na miano probiotyku, musi spełniać określone normy. Produkt probiotyczny to taki, który zawiera w 1 gramie minimum 10 milionów jednostek bakterii Bifidobacterium lub minimum 100 milionów Lactobacillus. Dlatego warto przy zakupie na przykład jogurtu sprawdzić informacje znajdujące się na jego etykiecie. W przypadku kiszonek należy upewnić się, czy nie były termizowane, czyli poddane działaniu wyższych temperatur w celu zwiększenia okresu przydatności, i czy nie zawierają środków konserwujących. Probiotyki zaleca się szczególnie osobom z obniżoną odpornością organizmu, palącym papierosy, prowadzącym stresujący tryb życia, stosującym mało zróżnicowaną dietę, a także kobietom, które cierpią na infekcje intymne.